Comparação da consistência da detecção de patógenos entre os próximos metagenômicos

Scientific Reports volume 13, Número do artigo: 9460 (2023) Citar este artigo

Detalhes das métricas

A aplicação do sequenciamento metagenômico de próxima geração (mNGS) tem sido gradualmente realizada pelo clínico. No entanto, poucos estudos o compararam com hemoculturas em pacientes com suspeita de infecção da corrente sanguínea. O objetivo deste estudo foi comparar a detecção de microrganismos patogênicos por esses dois ensaios em pacientes com suspeita de infecção da corrente sanguínea. Estudamos retrospectivamente pacientes com febre, calafrios, uso de antibióticos por mais de 3 dias, suspeita de infecção da corrente sanguínea e internação no pronto-socorro do Hospital Ruijin de janeiro de 2020 a junho de 2022. Todos os pacientes tiveram sangue coletado no mesmo dia para sangue mNGS e hemoculturas. Os parâmetros clínicos e laboratoriais foram coletados no dia da coleta de sangue. Comparou-se a detecção de microrganismos patogênicos pelos dois métodos. Fatores de risco e mortalidade intra-hospitalar em pacientes com infecções da corrente sanguínea foram analisados ​​separadamente para esses dois ensaios. Em todos os 99 pacientes, a taxa de detecção de microorganismos patogênicos no sangue mNGS foi significativamente maior do que na hemocultura. Sangue mNGS foi consistente com hemocultura em apenas 12,00% de todos os resultados positivos de testes bacterianos e fúngicos. O nível de PCR está relacionado com bacteremia, fungiemia e viremia detectadas por mNGS no sangue. Nenhum fator de risco claro pode ser encontrado em pacientes com hemocultura positiva. Em pacientes criticamente enfermos, ambos os testes falharam em melhorar os resultados dos pacientes. Em pacientes com suspeita de infecção da corrente sanguínea, o mNGS ainda não substitui completamente as hemoculturas.

A infecção da corrente sanguínea (BSI) é uma infecção causada por patógenos que invadem a corrente sanguínea e se espalham com o sangue, e a BSI pode se manifestar como bacteremia, fungiemia e viremia. É uma doença infecciosa sistêmica que pode evoluir para sepse em casos graves, causando choque, coagulação intravascular disseminada e falência de múltiplos órgãos. A incidência de ICS varia de 113 a 204 por 100.000 habitantes1,2 e vem aumentando anualmente3,4. A infecção da corrente sanguínea tem alta taxa de letalidade, prolonga o tempo de internação, aumenta os custos da internação e causa sérios danos2,5,6. Portanto, além da prevenção, a identificação precoce de patógenos tem recebido atenção crescente.

Comparado com a hemocultura tradicional, o sequenciamento metagenômico de próxima geração (mNGS) tem as vantagens de uma ampla gama, alta velocidade e nenhuma necessidade de cultura no diagnóstico de microorganismos patogênicos por meio do sequenciamento de alto rendimento7. No entanto, seu uso em infecções da corrente sanguínea não foi popularizado devido ao seu alto preço. Poucos estudos exploraram os resultados de mNGS e ensaios de hemocultura. O objetivo deste estudo foi comparar a detecção de microrganismos patogênicos por esses dois ensaios em pacientes com suspeita de infecção da corrente sanguínea.

Estudamos retrospectivamente pacientes com suspeita de infecção da corrente sanguínea internados no pronto-socorro do Hospital Ruijin de janeiro de 2020 a junho de 2022.

Os critérios de inclusão foram os seguintes: todos os pacientes tinham ≥ 16 anos e, entretanto, temperatura corporal máxima superior a 38,5 °C, calafrios e uso de antibióticos por mais de 3 dias. O teste de mNGS no sangue foi realizado no dia da coleta da hemocultura. Este estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética do Hospital Ruijin afiliado à Escola de Medicina da Universidade Jiao Tong de Xangai e obteve isenção de consentimento informado. A análise dos dados foi realizada de acordo com os padrões éticos estabelecidos na "Declaração de Helsinki 1964" e suas emendas posteriores ou padrões éticos comparáveis.

Um conjunto de amostras de sangue aeróbico e anaeróbico foi coletado de duas partes diferentes do paciente usando métodos assépticos e cultivado por 5 a 7 dias, quando a temperatura corporal era ≥ 38,5 °C. O volume de coleta de sangue de cada frasco era de cerca de 5 a 10 ml. As hemoculturas foram realizadas de acordo com os procedimentos operacionais padrão de microbiologia clínica. O aparelho de hemocultura totalmente automatizado utilizado foi o BACTECFX (Becton, Dickinson and Company, EUA). A identificação bacteriana foi realizada usando o sistema de detecção VITEK MS (BioMérieux, Marcyl'Étoile, França). Uma hemocultura positiva foi definida como a detecção de um patógeno específico, como bactérias ou fungos no sangue, enquanto uma hemocultura negativa foi definida como a ausência de qualquer organismo crescendo durante o período de incubação. Se as hemoculturas foram consideradas contaminadas foi definido por dois médicos-chefes associados.